Le suivi de la qualité chimique et biologique des eaux de surface conduit le long de la Saulx, de l'Orge, de l'Ornain, de l'Ormançon, de la Maldite et du canal de la Marne au Rhin s’accompagne de mesures sur les sédiments aquatiques. Des échantillons de sédiments sont collectés dans les cours d’eau, avec une fréquence annuelle et analysés pour leur granulométrie et leur contenu en contaminant (les analyses réalisées incluent les paramètres de l’état chimique des sédiments selon l’arrêté surveillance, qui définit les suivis à réaliser par les agences de l’eau, ainsi que d’autres molécules d’intérêt ayant été détectées par le passé).